Existem diversas formas do organismo humano ser afetado pelas doenças autoimunes. As doenças autoimunes podem geralmente ser divididas naquelas que são sistemáticas e naquelas que são localizadas e somente afetar um determinado tecido ou órgão.
Exemplos de doenças sistémicas: Sarcoidose, síndrome de Goodpasture.
Exemplos de doenças locais: Esclerose Múltipla, doença de Addison.