Existem diversas formas do organismo humano ser afetado pelas doenças autoimunes. As doenças autoimunes podem geralmente ser divididas naquelas que são sistemáticas e naquelas que são localizadas e somente afetar um determinado tecido ou órgão.
Exemplos de doenças sistémicas: Sarcoidose, síndrome de Goodpasture.
Exemplos de doenças locais: Esclerose Múltipla, doença de Addison.
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