Sabe-se que existem alguns fatores que podem desencadear estas doenças, no entanto, os cientistas não percebem na sua globalidade como funciona o sistema imunitário e, também, o que leva o organismo humano a desenvolver estas doenças.
Alguns dos fatores que são importantes para o desenvolvimento das doenças autoimunes são: as bactérias, os vírus, as toxinas, as hormonas, o stress e alguns fármacos que podem desencadear uma resposta autoimune nalgumas pessoas que tenham uma predisposição genética para desenvolver uma DAI.